要进入口袋妖怪火红五岛仓库，首先需确保已完成主线任务并击败四大天王，同时获得彩虹票。彩虹票可在凯南岛的宝可梦研究所从比尔处领取，这是前往七岛群岛的必要条件。五岛仓库大门紧锁，需找到隐藏的仓库钥匙。钥匙位于五岛的火箭队隐藏基地深处，需击败基地内的火箭队成员并通过陷阱机关才能获取。
仓库钥匙获取后，返回五岛中央区域找到紧闭的大门。使用钥匙开启大门后，仓库内部分为三层：地下一楼、地下二楼和地下四楼。需注意地下三楼并非仓库区域。从游戏厅楼梯进入地下一楼，再下至地下二楼，击败遇到的火箭队成员后，上方会出现通往地下四层的路径。地下四层有红色电梯门，进入后按下四楼按钮即可抵达目标楼层。
在仓库探索过程中，需应对火箭队成员的阻击和复杂机关。建议携带充足恢复道具和逃脱绳，队伍中宝可梦状态需保持良好。仓库右上角可找到曾被抢走的蓝宝石，击败守卫的火箭队成员后即可夺回。仓库深处可能遇到稀有宝可梦如唱歌波克比，同时可收集各类珍贵道具如进化石。
完成仓库探索后，返回一岛将蓝宝石交给PC中心的研究员，可解锁跨区域通信功能。若尚未捕捉三神鸟，可趁此机会前往对应地点：急冻鸟在红岛右侧子岛，需用怪力推石堵住瀑布；闪电鸟在无人发电厂深处，沿左墙直走可快速抵达；火焰鸟需携带水系或岩石系宝可梦应对其火系抗性。
