离开尼比市后，首先应从城市出口处获得大木博士助手赠送的跑鞋，按住对应按键即可提升移动速度。随后的主要行进方向是向右进入三号道路，这条路径将引导你前往下一个关键区域。沿着道路前进，在抵达四号道路后，务必先前往宝可梦中心恢复队伍状态，为接下来的探索做好准备。紧接着需要进入的是一处名为月见山的洞穴，其內部结构较为复杂，存在多个训练家与野生宝可梦，深入洞穴最深处后，你将面临一个选择，可以从两块不同的化石中择一获取，完成选择后还需击败挡路的火箭队成员。成功走出月见山后继续向右行进，便可顺利到达华蓝市。此段行程是推进主线剧情的必要步骤。
抵达华蓝市后，初期可以不急于挑战当地的水系道馆，而是优先向上方行走，进入二十四号道路。在这条道路上，你会经过一座拥有多名训练家把守的长桥，战胜他们后可以到达海角小屋。在屋内你需要帮助一位因实验而变成宝可梦模样的正辉博士恢复原状，作为回报，他将赠送你一张至关重要的圣安奴号船票。取得船票后返回华蓝市，你会发现道馆的后墙已被火箭队炸开，穿过墙洞可以获取技能机器挖洞。这张船票是后续前往枯叶市码头并登上圣安奴号游轮的唯一凭证，因此这一系列事件是流程中不可或缺的一环。
前往枯叶市并使用船票登上圣安奴号游轮后，船上有大量的训练家可供挑战以积累经验。在游轮的船长室内，通过帮助晕船的船长，你可以获得秘传技能机器一字斩。让你的宝可梦学习这个技能后，便能够砍伐阻挡道路的小型树木，从而具备挑战枯叶市电系道馆的资格。该道馆内部设有一个机关，需要连续调查两个特定的垃圾桶才能开启通往馆主的道路，找到第一个开关后，第二个通常就在其附近位置。战胜馆主马志士后，可以获得橙色徽章以及技能机器电磁波。为了继续探索，你需要通过枯叶市右侧的十一号道路，但道路会被一只卡比兽阻挡；此时应转而进入十一号道路上的地鼠洞穴，洞穴的另一端通向尼比市附近的二号道路。
